«Прогресс МС» создан в результате глубокой модернизации «Прогресс М». Аппарат комплектуется современной бортовой радиотехнической системой сближения и стыковки «Курс-НА». Вместо аналоговой телевизионной системы «Клёст» используется цифровая телевизионная система, которая позволяет поддерживать связь между кораблём и станцией посредством межбортовой радиолинии. В состав бортовой аппаратуры взамен снимаемого с производства оборудования вошли новый цифровой блок управления резервным контуром, модернизированный блок датчиков угловых скоростей и пр.
Сообщается, что специалисты РКЦ «Прогресс» уже выполнили операции по сборке центрального блока (вторая ступень) ракеты-носителя и провели пневмоиспытания боковых блоков. Пуск ракеты с грузовым кораблём «Прогресс МС-06» запланирован на 14 июня 2017 года со стартовой площадки №31 космодрома Байконур.
Нужно отметить, что предстоящий старт станет вторым запуском корабля серии «Прогресс МС» после крушения аппарата данного семейства, произошедшего 1 декабря 2016 года. Тогда аппарат «Прогресс МС-04» был потерян в результате нештатной ситуации на 382 секунде полёта на высоте около 190 км над труднодоступной безлюдной гористой территорией республики Тыва. Эксперты пришли к выводу, что причиной крушения космического корабля могло стать наличие мусора в двигателе.
Следующий запуск корабля серии «Прогресс МС» состоялся 22 февраля текущего года. Аппарат «Прогресс МС-05» доставил на МКС около 2,5 тонны различных грузов.