Как следует из опубликованной Apple документации, два из четырёх универсальных разъёмов Thunderbolt 3 в 13-дюймовом MacBook Pro с Touch Bar не обеспечивают максимальную полосу пропускания по протоколу PCI Express. Оба расположены на левом торце корпуса лэптопа, и никаких обозначений, свидетельствующих о том, что они медленнее, чем Thunderbolt 3 на противоположной стороне, на них нет. Насколько урезана их пропускная способность, также не уточняется, но производитель не рекомендует использовать их для подключения устройств, требовательных к быстродействию интерфейсов ввода/вывода, например, внешних RAID-хранилищ.
Ресурс AppleInsider, комментируя данную особенность указанной модели, предположил, что ограничение связано с применением в ноутбуках двух контроллеров Intel Alpine Ridge, различающихся числом линий присоединения к шине PCIe. Вероятен и такой вариант, что контроллеры одинаковые, однако один подключён к линиям PCIe непосредственно в процессоре, а второй связан сначала с чипсетом, а затем, по шине DMI, с CPU. При этом издание отмечает, что проблема отсутствует у 15,4” MacBook Pro и 13” MacBook Pro без Touch Bar. Последний, правда, имеет только два порта Thunderbolt 3.